En application de l’article R.2224-13 du Code général des collectivités territoriales, il existe une obligation générale de traitement lorsqu’il existe un système de collecte des eaux usées. Ce traitement doit permettre de respecter les objectifs de qualité applicables aux eaux réceptrices (selon qu’il s’agit d’eaux douces, d’estuaires, d’eaux côtières, etc.), également appelé "traitement approprié" dans la réglementation. Il doit être mis en œuvre avant le 31 décembre 2005.
Cette obligation est générale et s’applique donc même aux agglomérations de moins de 2000 EH disposant d’un système de collecte.
En revanche, lorsqu’il n’existe pas de système de collecte, les agglomérations de moins de 2000 EH n’ont ni obligation de collecte ni obligation de traitement. Ces communes peuvent donc s’en remettre exclusivement à l’assainissement non collectif, ce qui est sans effet sur le partage des responsabilités : il revient alors comme toujours aux particuliers de disposer de systèmes d’assainissement non collectif maintenus en bon état de fonctionnement, et il appartient aux communes de mettre en place – avant le 31 décembre 2005 - un service de contrôle de ces systèmes.